历史上日本曾有大和、东瀛、扶桑等别称。日本，意为“日出之国”。最早称“和”或“倭”（均读作yamato，中文译作邪马台），“日本”这一称呼大约使用于7世纪后期。
在日本，统一后的大和政府似乎自称“大和”，但中国和韩国早已称日本为“和”。矶上神宫七刃剑上的铭文，中国史书（《前汉书》、《三国书》、《后汉书》、《宋书》、《书》隋朝”等），高句丽广开土王的题字都是倭(Wa)。倭，他被描述为日本人、日本国王、日本强盗等等。因此，大和的代表在外交期间也开始在国书中写下“倭国" (Wakokuo)，如5世纪的“倭五王”。
然而，在中止了约120年之后，在7世纪初与中国恢复外交关系时，《日本书纪》（日本编年史）称“东帝尊西帝”、“随州”，有这样的描述：日本人递交了一份国家文件，上面写着：‘我称你为日出之地的天子，书法为日落之地的天子。
“日本”的含义就是太阳出来的地方。有记载，隋炀帝大业三年（607年），小野妹子向隋炀帝递交圣德太子的国书，其中有著名语句：“日出处天子，致书日没处天子，无恙”，以“日出处”自称，“日本”也是汉语词，最开始指的是朝阳升起的地方，泛指东方。
在作为正式国名之前，“日本”有时甚至指朝鲜半岛或者渤海国，《新唐书·日本传》的记载：咸亨元年（670年），日本遣使入唐，使者自言“因近日出，以为名。”，这个词可能也是由朝鲜半岛传到日本的。
在中国方面，日本的名字第一次出现在《唐旧书》的《东义传》中，“日本是另一种倭” (Wa)。决定再次称它为日本。”，解释了为什么倭 (Wa) 改名为日本。又在《新唐书》中称“近于日出之地，故名”，与隋书《日出天师》相通。 7世纪，追随隋朝，常派出使唐朝，但国名何时由“倭”改为“日本”尚不清楚。详细描述使臣谈判的《日本书记》是在 8 世纪日本确立为国名之后写成的，并写了可能在源材料中出现的“和”字。就国名而言，已更改为“日本”。在其他文献中，有一段来自 733（天表 5）所写的《海国国记》的节选，其中在 664 年（天地 3）来到太宰府的唐使者说：“日本钦政大将军法正”。给了他一本书，但它的真实性是未知的。毕竟《食日本记》中的描述是肯定的，702年（大宝二年）时隔32年第一次访问唐的唐使被视为“倭国" (Wakoku) 的使者，而唐方视其为“日本”，据说他声称《旧唐书》中的《东传》一文似乎就是基于日方的这种解释。
日本的双读音
"日本", 要么读作“にほん (Nihon)” 要么多作 “にっぽん (Nippon)”。由于两者都被广泛使用，日本政府尚未正式确定使用哪种读法，任何一种读法都可以。
国名“Nihon”起源于 7 世纪下半叶的国际关系，据推测在国际朗读中读作“Nippon”（吴音）或“Jippon”（菅音） ）当时。目前尚不清楚“日本”的阅读何时开始。在假名符号中，它被写为“Nihon”。在平安时代，它被称为“日之本”。 在室町时代的横极狂言中，中国人读“Nippon”，日本人读“Nihon”。在安土桃山时代葡萄牙人编纂的《日葡词典》和《日本书文天》中，可以看到“Nippon”、“Nihon”和“Zippon”的读法，并判断从使用例子来看，场景和重点都发生了变化。“Nippon”用于当人们想做某事时，“Nihon”用于日常情况。
据此，小池诚司认为，中世纪的日本人只在与中国人或西方人交往的情况下使用具有中国感觉的“zippon”，而在日常生活中使用“nippon”。可能使用了“Nihon”。对于今天没有传播的“zippon”声音，另见其他语言。 虽然“Nihon”和“Nippon”自现代以来一直在使用，但在 1934 年，教育部日本语特别研究委员会提出了一项计划，以统一“Nippon”一词并使用Nippon 而不是 Japan 的外语符号。有，但它没有完全结束。同年，日本广播公司（NHK）做出决定，“对于广播，‘Nippon’应为国名的一读，而‘Nihon’应为二读。” 从那时起，这两个词一直沿用至今。
2009 年 6 月 30 日，日本政府宣布“‘Nippon’和‘Nihon’的发音都被广泛接受，没有必要将它们统一为一个。'' 已就书面答复作出内阁决定。 目前，“NIPPON”被绘制在与外国在贸易和交换方面相关的纸币和邮票上（纸币的发行者也是“Nippon Ginkou”）。如 “日本”（NIHON） 日本大学、日本航空、日本经济新闻、日本烟草、日本相扑协会、日本奥委会、日本陶瓷、日本广播公司、日本武道馆、日本共享制造等，此外，日本电视网络（Nippon Television）、东日本电报电话（NTT East Japan）、西日本电报电话（NTT West Japan）等公司名称为“Nippon”，昵称“Nihon”。中日本高速公路（NEXCO Central Japan）、西日本高速公路（NEXCO West Japan），有使用英文公司名称“Nippon”和日本公司名称“Nihon”的例子。
根据日本经济新闻 2016 年的一项调查，公司名称中包含“日本”一词的上市公司中有 60% 读作“Nihon”，40% 读作“Nippon”，表示读作“Nippon”的公司。“日本”越来越多地用于电视节目名称。关于日本宪法的阅读，内阁法制局表示，没有具体规定如何阅读，无论以何种方式阅读都没有关系。日本宪法制定时，宪政大臣金森德次郎表示，“普遍接受的是日本 (Nippon) 和日本 (Nihon) 的两种读法”，可以自我决定哪一种读法。
日本政党名称读作如下（在议会中拥有多个席位的政党）。
“日本”「にほん」(NIHON)
日本共产党（1922-），日本劳动农业党（1926-1928），日本自由党（1945-1948），日本进步党（1945-1947），日本合作党（1945-1946），日本农民党（ 1947-1949）、日本民主党（1954-1955）、日本新党（1992-1994）等。
“日本”「にっぽん」(NIPPON)
日本社会党（1945-1996）、日本自由党（1953-1954）、日本新党（2005-2015）、挺起日本（2010-2012）、日本维新党（2012-2014）、日本未来党（2012） ), 日本复兴党 (2015-2018), 珍惜日本之心党 (2015-2018), 日本维新党 (2016-)等。
日本国奥队在入场游行时的标语牌上使用了英文符号“JAPAN”，但只有 1912 年首次参加的斯德哥尔摩奥运会的运动员使用了“NIPPON”符号。2021年在日本举办的2020年东京奥运会，入口行军中宣布了"にほん (Nihon)”。
日本桥是东京和大阪的桥梁名称和地名，东京的日本桥读作にほんばし (Nihonbashi)，大阪的日本桥读作にっぽんばし (Nippombashi)。 已退休的明仁天皇一直阅读“日本” (Nihon)。